他曾经徒手攀爬先天灵根通天建木，去往九天之上寻找瑶草圣药，中途巧遇当时的新晋天帝昊天道人。两人详谈甚欢，临别时天帝以神鞭相赠，成为流传在人族的一段佳话。
瘟毒出现之后，神农亲眼所见患毒之人的绝望痛苦，决心凭自身医道解决此毒。他亲尝百草，以身试毒，终于找到了解决瘟毒的良方。
然而，很快瘟毒就出现了变种。
等到神农解决了变种毒后，毒又出现了新的变种。
终于，神农意识到，如果不把毒源解除，那么瘟毒将永无休止。
于是，他与奢比尸决战于都广之野，携亿万人族大愿，以生命真炎大破毒功。
都之广野的真炎焚烧了足足上千日。
从此之后，祖巫陨落，也成就了人族另一位圣皇的威名。
此战后，人族与巫族强弱之势逆转矣。
神农证道后，开始大肆清剿人间巫族。
当时他被一族气运之所衷，一举一动都似有天地随行。
巫族节节败退，直到退往冥界请求后土天尊庇护。
那时，冥界刚刚经历了杀生魔主之乱，正是休养生息的时候。
神农杀入冥界，却遇到了一个始料未及的情况。
奢比尸陨落，他造成的亿万冤魂厉鬼尚未来得及转化为战巫。
此时，这些冤魂厉鬼虽被后土以冥界收容，却身上怨气惊人，难入轮回之门。
后土正在研究洗去他们怨气的方法，一时之间却根本无法顾及这么庞大的数量。
又有冥河血脉中的一位大神通者，不时前来打打秋风，掠走一部分冤魂厉鬼去制作修罗一族。
见到如此情况，神农沉默了。
经过了与后土天尊的一番谈判，他做出了选择。
最终，他还是决定以自己一身海量功德来洗去无数冤魂厉鬼身上的怨气。
他退隐了人族圣皇之位，于冥界建立了北阴神朝，定都酆都。
既统率群鬼，也在一定程度上监视冥界巫族的动向。
从此以后，北阴神朝就成了阳世与六道轮回之间的缓冲之地。
又在蚀罗邪异入侵后，与巫族间渐渐走向了合作。
如今的神农虽然早已卸任北阴大帝，加入了火云圣地。
可是他在神朝之中依然有着不可磨灭的影响力。
因此，他的弟子东岳帝君，才能够在冥界之中如鱼得水。