所以赵昺在此次军改中专门成立主管后勤的辎重军司，以其建立起平时和战事完善的后勤保障系统，使军队在任何条件下都能获得基本的生活、训练和作战物资的补给。他甚至想着采用商业化运作，将一些工作转包给一些有实力和能力的商家。
除了这些还有一个不能忽视，也无法忽视的问题。宋军的一般士兵多为农家子弟，他们温顺、有纪律、能吃苦耐劳、服从指挥，可塑性很强，只要经过严格的训练和适当的激励机制很快就能成为一个合格的士兵，问题最大的反倒是军官。
宋军的从前的军官补充和选拔系统业已随着败亡而消失殆尽，就拿自己一手组建的帅府军来说，基层军官都是以信任为基础，而非才能予以任命的，他们很多人前几天还是拿着锄头种地的村民，或是乡绅、地主，可当他们拿起刀枪之后变成了领兵上阵的军将。
很多人都是在胫骨连番的整训和短期的培训班才掌握了基本的军事技能和组织作战的能力，诚然其中有些人具有一定的军事基础，或领兵的天赋，更多的只能在不断的实战和管理部队中积累经验，但这仍难以改变军队整体的颓势。由己度人，其它各军的情况即便好一些，赵昺觉得相差不会有太大的悬殊。
同样中、高级军官的素质也很堪忧，营以上指挥机关的业务极不健全。图上作业与沙盘教育可以说完全没有，指挥所与参谋业务的演习，更是完全忽略，既没有具体的作业计划，也没有完备的作战命令。所以军队一到作战就莫名其妙的出问题，形成了官不若兵的怪象。
在各军主官的幕僚中很多人都没有军事背景，而多是主官的私人。往往很重要的职务，交给一些落伍的军官或不习军事的文人来担任。而军事领导部门又没有专门业务的训练，那些参军和参议不知道如何管理人事，计算辎重补给的消耗。至于些辅助部门中的官员更多是滥竽充数，甚至于管理物品检查物品的常识都没有。
此外，宋军的指挥和协调系统紊乱，几无章法。按照军事指挥系统的程序，身为皇帝的赵昺只要将命令下达给枢密院即可，但他却不得不越级指挥，一些大的战斗，他不但要提前亲自谋划，发起战斗时还得亲自指挥，不仅越级指挥到各军，甚至直接指令到营一级，特殊情况下自己还得亲自披挂上阵。
正是由于赵昺事无巨细亲自过问，各部队主官皆不敢自作主张，或为了卸责，遇事均请示执行。结果是各级军官即不敢违背，亦乐于奉行，导致前方将领欠缺自主作战意识和机动应变能力。自己也落了个用兵如神，英明勇武的美名。但是他知道这是极不正常的，现在地狭兵少自己尚可顾及到，但是以后呢？
赵昺十分清楚当前的局势，在自己连番取得水战的胜利，征北军又扫荡两广后，在忽必烈对安南和日本用兵的情况下，元军不会再轻易对琼州用兵，而会采取守势。这样就出现了一个难得的空白期，他就要利用这段时间完成军队的转型，将积极防御型的宋军打造成一支攻击型的军队。
但是虽都知道古今中外任何一支有力量的军队，都不能不教而战；凡是有才干的军事家都懂得治军先治校，首先要培养、训练军事干部和人才。而这次兵部的一项重要任务就是要建立军校培养军官，为宋军的战略转型打下基础，达到增强战斗力的目的。
赵昺的计划是利用两年的时间对宋军的基层军官完成轮训，提高其战术指挥能力；中、高级军官完成战役组织和指挥及合成作战的培训；而对普通军兵要进行爱国忠君和军纪的教育同时，还有完成军种的基本训练，熟练掌握自己所属兵种的武器，并加强与其它兵种的协同训练。
然后再利用一年的时间有计划的对部分军队进行扩编和换装，打造起数支完全使用热兵器作战的军团，然后开始进行局部反攻，展开以歼灭敌有生力量的一系列小型战役，取得实战经验；两年后完成所有主力军的换装，并展开各军种的协同训练，大军团的战役演练。伺机展开大反攻，全面发起复国之战……
应节严听着小皇帝侃侃而谈，忽然觉得自己不是其师傅了，而是陛下的学生。其思路十分清晰，军改的目的也极其明确，提出的方案也具有可操作性。而其中又多有自己从未听说过的新颖的词汇及独特的见解，设置的部门也是极具针对性，使人有耳目一新的感觉，显然是费了番心思的。
再看看小皇帝的书案上摆放新军训练营的模型，边上堆着新军组建和培训方案。而应节严仅从新军军营模型分布图上便可以看出其‘野心’不小，这片营地不仅面积广大，且功能齐全，分有生活区、教学区和训练区。仅演武场就有大小三个，涵盖了步、骑、辎重、炮四个军种所有专业，且配备了专用训练区，营外还设有枪、炮靶场。
说是军营，但应节严是老司机了，一眼就看穿了小皇帝的阴谋，这分明是一所其口中长长念叨的武学。陛下这是在开办武学受阻的情况下，以办新军为名绕过了来自朝廷，准备自己单干。培养新型军事人才，以这些天子门生趁换装之际取代现在各军的中、下层军官，进而打破军中林立的山头，将军权牢牢的掌握在自己手里。
应节严细想之下觉得这孩子心机真是深不可测，像个高明的棋手不动声色的落子，看似平淡无奇，其实每一步棋