八月十五日夜晚，陈吊眼率联军乘机再次突袭漳州城。这次率军进城，守城的元军十有八九被杀，陈吊眼军威大振，兵员猛增聚众十万。而许夫人在攻打漳州的战斗中，获得大批武器甲仗的武装，又有精兵相助，其统领的义军自然如虎添翼率先攻入城中，分得了最大的一块蛋糕不说，兵力也暴增到三万之众。
其后忽必烈获知漳州再次失陷损兵惨重的消息后勃然大怒，命高兴在建宁府设立行都元帅进行镇压，又命完者都为镇国上将军福建等处征蛮都元帅，领兵五千与高兴会合。重兵威逼之下，陈吊眼领军退出漳州城返回云霄一带山中结寨五十余凭险据守，以王命号令群雄。
这次元军却没有出兵攻打兵力强盛的陈吊眼，完者都率军进入福建后，先用大军镇压政和的黄华义军，并贿以重金，以征蛮副元帅重职招降。果如赵昺所料，黄华没有经受的住考验投降了蒙元，因为赵昺已有准备在获知消息后，立刻通知潜伏在黄华军中的探子率军万余出走投靠许夫人，并与黄华部脱离向广东凤凰山一带转进，避开敌锋芒的同时，接受补给，进行整训，建立根据地。
而元军利用黄华熟悉福建山区作战的特点，命黄华为前驱清剿漳州陈吊眼抗元起义军，其熟悉义军山寨作战的特点，带领元军步步进逼。黄华的投降，许夫人的撤离，使义军联盟破裂，南北难以相互呼应，而黄华熟悉山地作战特点，又知陈吊眼虚实，在其协助下陈吊眼被连破数寨。
陈吊眼分兵驻守拒敌，以其叔陈桂龙驻九层漈，自领一部驻漳浦峰山砦，陈三官驻水篆畲，罗半天驻梅龙长窖，陈大妇驻客寨畲。他们凭借险要的地形扼险固守，一时间使元军无法突破，反而遭到重大伤亡，现在战局暂时陷入僵局，两军各自结寨对峙。
他的想法和此前一样，无论对于招安还是清剿，赵昺现在都不敢兴趣。清剿他没必要助纣为虐，元军多死几个对自己只有好处。而招安上杆子不是买卖，陈吊眼虽然受到点儿挫折，但是声势正盛，绝不会接受招安，反而会提出些条件。若是让朝廷承认其地位又将如何处置？大宋还为有给造反者封王的先例，那纯粹是自找麻烦！
当然最后赵昺还是要出手的，但要等到陈吊眼认识到错误的时候，不过替他收拾烂摊子的也不会是自己，而是许夫人。这样绝无羞辱其的意思，而是让他认识到想脱离朝廷造反是不会成功的，必须要依靠朝廷，拥护皇帝才能过上好日子。若是其不能领会自己的意图，那就不好意思了，只有看着他走向灭亡了……
日子很快又到了初冬，不过海南这地方不分冬夏的，只是雨水少了些。军改第二阶段也进入尾声，陆军共编成十个步军师，两个骑兵旅、三个炮兵旅及五个辎重旅，加上御前护军共辖兵力十五万；水军编成攻击船队、支援船队、辎重船队和火力船队，分驻岛南、岛北和岛东三个水警区，另外战兵编成三个水军陆战旅，共有大小战船一千二百余艘，总兵力六万余。
与此同时，新军的半年基础训练已经结束，根据训练情况和志愿准备转入分科专业训练。赵昺决定将新军基础训练结训和各军授旗仪式合并举行，地点就在已经完工的新军营地。过去他觉得这种仪式化的东西十分麻烦，甚至有些厌恶。不过对军中举行的各种仪式却是例外，之所以如此他觉得可能是因为自己是学理工的，从而喜欢线条似的美感，另外他觉的军中的仪式不仅能提高士气，且能让军人增强荣誉感与尊严。
十一月初一，赵昺一早便换上戎装，匆匆吃过早餐便迫不及待的登车，在一营骑军的保护下出城前往新军军营。他自去年岁末勘测场地后便再为来过，此时通往军营的大路已经修通，不需半个时辰军营已经在望，随着离军营越来越近，赵昺心情也愈发激动，虽然军营的设计是出自于他手，可以说每一处都了然于胸，但是看到实物还是觉得十分震撼。
为了新军军营的建设，赵昺先后拨款达十万两白银，整个营区占地三千余亩。整个军营分成了四大部分，包括大操场、总部、分部和南北靶场。其建筑格局赵昺参照了现代军营建成，为一片气象森严的砖瓦结构的建筑群。四面有高大的围墙，墙外有河环护，河两岸树木成行。
军营大门开在南侧，隔河有高大的照壁与之相对。门楼高大，面阔三间，气势之雄伟可与府城行宫大门相比。朱漆大门饰以铜钉铜环，门楣上悬挂着赵昺亲书的“新军训练营”五个大字的横匾。门前有石砌的高台阶，阶前的南路直通河岸。南路两旁有高丈许的石狮一对，河上架一平板桥，用以通大操场。
整个营区共建有营房八百多间，总部以龟山为中心建设，占地约有二百亩，分南北两院。北院是生活区。南院是军营的中枢和教学区，又分东、中、西、三院。东、西院为教室与兵丁宿舍，各有十排带长廊的青砖瓦舍，布局对称，各排房舍之间有走廊相通，每两排组成一个独立的院落，院墙开月形门，每院住约一都士兵。
中院有办公室和尚武堂。高大的尚武堂坐北朝南，四周环以石栏，雕梁画栋，气势宏伟。厅门两侧有副楹联，上书：“尚父阴符，武侯韬略，简练揣摩成一厅；报国有志，束发从戎，莘莘学子济斯望。”虽然这出自于赵昺之手，但