天宁真人仙逝，昆仑上下一时群龙无首。对于掌门的继任者，多加思虑推荐，无一人可以服众，派内混乱不堪，冲突四起。以昆仑三剑为首鼎力支持，打破以往的惯例，最终由玄玑继任掌门之位，方才平息这场风波。
玄玑真人虽不知蓬莱的最终图谋，但后来细想掳走自己妻子只怕不是临时起意，想必几年前就盯上了自己，可谓势在必得。他担心独子也被蓬莱挟为人质，便暗中调换了农家婴孩，顶替清鹤居于玉虚宫。
玄玑真人暗中同清鹤相认，每隔几月见面一次，每次见面便会留下许多道家典籍，促其成才。后来清鹤恰巧被清灵带上了清秋院，取了清鹤这个道号，两人自此便见得更加少了。若不是谢东来误打误撞图谋天元道剑，玄玑真人也不会将清鹤安置在昆仑山下的道观里，并令门中不得侵扰。
近来蓬莱着手寻觅血祭人选，玄玑真人再次见识到蓬莱的可怖，他自以为匿藏隐秘，可以护佑独子安全，谁知清鹤竟是命定之人，早被蓬莱卜算出所在。他为了爱妻已经独走黑暗多年，可这一次却轮到了自己的后人。
玄玑真人为了暂保清鹤的性命，不得已只得将他的真实身份告知了蓬莱，因此蓬莱顾忌玄玑这枚棋子脱离掌控，而杀人取血又不急一时，便在清肃归墟一脉时，只杀了师兄清灵道长，暂时放过了师弟清鹤。
自从成为蓬莱的傀儡以后，玄机真人受制参与蓬莱诸多计划，屡造杀孽，就连崂山大乱他也参与其中。他蒙面藏于蓬莱诸人中，发动八荒封杀阵，亲手虐杀了不少昆仑弟子。那些弟子日前还虔诚而恭敬地称他一声“掌门真人”。
此次蓬莱着手削弱中土势力，自然需要玄玑真人里应外合。若是妻子当真亡故，玄玑真人不是贪生怕死之辈，自然与昆仑共存亡，可是如今爱妻落在蓬莱之手，他视妻如命，只得惟命是从。
有时候，午夜梦回，他也震惊于自己竟有这般深厚的夫妻之情，令他做出那么多大逆不道的事来。情，是尘世间最动人的，也是最恐怖的东西。有人为其沉沦，有人为其癫狂，有人为其生善，有人为其生恶。
他本就是道家天才，从清鹤处得到天元道剑的秘密，悟透之后，暗中偷师引剑术再简单不过。他先是以引剑术杀了养子嫁祸天山，激化两派矛盾，促成开战之势，以此趁机调走两派势力，便于蓬莱来人入山定穴，然后蓬莱雇佣一线天杀手潜伏在翡翠岛，三方混战自耗，蓬莱可谓大获全胜。
玄玑真人最终却是一败涂地，若是他能及时杀了袁赤霄，一线天能够覆灭两派，那他自能全身而退。到时候昆仑、天山荡然无存，他孤家寡人一个，没了被利用的价值，蓬莱或许能让他与妻子团聚。可是这一切美好的设想，都因为张元宗和裴灵韵而化为泡影。
清鹤一直以为娘亲难产而死，初时自然不明白玄玑真人为何要发动两派大战，因而愿意配合张元宗的计划对抗父亲。可是当玄玑真人吐露实情，得知娘亲尚在人间，却被蓬莱控制的时候，他便失去了所有反抗的勇气，酿成了大祸。
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玄玑真人平静地道出实情，所有人都沉默了。他的所作所为确实令人唾骂，可是却没有人有心情去指摘他。大义与私情，到底该如何抉择？若是在场诸人面对这个问题，只怕也是进退两难。一个是为了妻子，一个是为了娘亲，错不在他们，要怪就怪这命运无常的安排。
玄机真人落寞道：“今日我暴露了身份，只怕蓬莱也不会放过我，今日任凭你们处置，只希望我死了之后，他们能放过我的妻子。”他并不如何畏惧生死，甚至流露一丝的解脱，终于可以脱离这么多年锁身的桎梏，唯一遗憾的是没有再见爱妻一面。
只听这时申先生开口道：“现在言死，为时过早，等你见了你妻子一面，再以死赎罪不迟。”张元宗心中微动，申先生思念亡妻刻骨铭心，乃是为情所困之人，只怕此时是对玄玑真人生了恻隐之心。
明白了真相，袁赤霄对玄玑真人的杀意也淡化了许多，他冷淡道：“有申先生开口，我便容你再多活几日。”天山掌门之大度当世少见，玄玑真人百感交集道：“多谢袁掌门。待了却心愿后，我自当亲赴天山，以死谢罪。”
他又对张元宗恳求道：“张公子，请你今后多多照应清鹤。”张元宗亦为他的一生多生感触，点头道：“这个你无需操心，待此间事了，我会带清鹤道长前往火焰岛，自然能够护佑他的安全。”清鹤紧闭嘴唇，咬牙一言不发，唯有一双眼睛流露出悲伤之意。
玄玑真人对着两位师弟歉然道：“我不配做这昆仑的掌门，昆仑今后就交给你们了。”