大批有真才实学的贤臣。他们是：保和殿大学士索额图、魏裔介、图海等；翰林院掌院学士熊赐履；都察院左都御史明珠，还有龚鼎孳、王熙等六部尚书。
然而，平静之下处处有危机，康熙面临的政治形势仍然十分严峻：东南海上有台湾郑氏抗清力量；西北额鲁特蒙古准葛尔上层民族分裂势力正日益抬头；东北黑龙江流域沙皇俄国的侵扰已达数十年之久；南方有业已坐大的“三藩”割据势力。其中，尤其让康熙忧心不已的就是日益嚣张的“三藩”势力，专制一方，严重侵犯中央集权。
三藩中力量最强的是平西王吴三桂，盘踞云南十余年，连云贵总督也要受其节制。他有权选授官吏将领，吏、兵二部不得制肘，号称“西选”，造成了“西选官吏遍天下”。而三藩用钱不受节制，每年所耗用的军饷，几乎要耗去国家财政的一半。康熙为此日夜难安，将“三藩、河务、漕运”列为必须解决的三件大事，并将之书写在乾清宫正殿的中柱上，时时提醒自己。
一日，康熙去慈宁宫向太皇太后请安。两人商议黄河水灾的事。康熙道：“朕已经派龚鼎孳会同工部尚书前往山西赈灾，同时拨银改建河道。”太皇太后道：“黄河连年水患，是该派人彻底治理了。这个工程耗资巨大，户部能支出银子来么？”康熙道：“扣除三藩的粮饷，朝廷的收入已耗近半。”太皇太后道：“三藩糜费实乃朝廷心腹大患！”康熙道：“老佛爷说的是啊，孙儿这些天也在想这件事。”他眉头一皱，颇为烦恼。
太皇太后叹息一声，想了想道：“前儿听说承祜感染风寒，现在怎么样了？”康熙道：“皇后把他接到坤宁宫亲自照看，应该无大碍吧！”太皇太后道：“孩子才四岁，得了病可大可小。我这几天身子也不舒服，你先瞧瞧去，回头告诉我一声。”康熙应了一声。
可惜的是承祜并没有如众人所愿的那样很快康复，他的病症越来越严重，最后转成了肺炎。而在那个时代，肺炎对于幼儿来说，几乎是不治之症。承祜勉强撑了一个多月，终于抵受不住。孩子离世的那一天，皇后悲痛万分，守着儿子的小小的尸身不言不语，也不哀哭，像失去了知觉一样呆呆的坐着。康熙从殿外进来，见皇后神情恍惚，心里也是一痛，安慰她道：“筠儿，孩子已经去了。你何苦苦了自己！”皇后仍是不语，凝眸看着康熙，眼中泫然有泪。康熙伸手按在她肩上，道：“想哭就哭吧！别憋在心里！”他的语音中也带着哭腔。皇后终于克制不住，伏在康熙胸前泪如泉涌，哀哭不止。康熙想起爱子，也忍不住抽泣。
康熙惟恐皇后经受不住丧子之痛的打击，特意将她的堂姐桓若接进宫来宽慰她。桓若见皇后面容忧郁憔悴，劝慰道：“娘娘，逝者已矣。保重自己身子要紧。”皇后哀道：“姐姐，你不知道，孩子是我的心头肉。一想到他死了，我的心就像被把钝刀割那么痛，那么痛——”桓若道：“都是有孩子的人，我怎么会不明白。只是妹妹，你的身份不一样啊！你是皇后，有些事情，就是要比别人更能承受。这宫里到处是眼睛，人人有张嘴，难保没有人要看你的笑话。”皇后强忍悲伤道：“想起端敬皇后当年，也是和我目前的处境差不多。以前和她住在承乾宫里，常常听到她半夜哀哭，不能理解为何她独得先皇万般宠爱，却还是人前欢笑人后伤心。如今，我终于明白她了。”桓若道：“妹妹不要这么想，你的贤德和人缘有口皆碑，上天不会辜负你。端敬皇后红颜薄命，是她的造化如此，比不得妹妹鸿福齐天。”皇后叹了口气，提不起任何心思。
康熙十二年二月，平南王尚可喜上疏请求归老辽东，由其子尚之信带领家人官兵继续镇守广东。康熙在朝堂上与众臣商议此事。索额图道：“平南王体贴上意，很识大体，皇上要是准了他的要求，让他告老归乡，则可以削弱三藩势力。”康熙点点头，问左都御史明珠道：“明珠，你有什么看法？”明珠道：“臣以为广东已经底定，何必让他们父子分离，不如叫他们一齐撤离到辽东。”明珠此言甚合康熙心意，他当即下旨同意尚可喜归乡。到了五月里，准尚可喜全藩撤离的诏书下达广州，尚可喜恭顺拜命称谢。
广东尚可喜撤藩，对吴、耿二藩震动很大。己承袭靖南王王位的耿精忠立刻传书给弟弟耿聚忠商议对策。耿聚忠深知康熙心意，回信给兄长，建议他在朝廷下旨撤藩前自请撤藩，才不会处于被动的地位。耿精忠又与吴三桂密议，决定先由耿精忠上书申请撤藩，试探朝廷的反应。七月里，耿精忠自请撤藩的奏折摆到了康熙的御案上。
康熙将耿聚忠召到御书房，把折子给他看，道：“这是你大哥的折子，相信你应该知道其中的内容。”耿聚忠道：“微臣曾向家兄提过建议，希望他自请撤藩。”康熙淡然一笑，道：“可朕能感觉到，他是在试探朕。撤藩，他未必甘心！你呢，有什么想法？”耿聚忠道：“三藩所耗巨大，迟早要撤。臣唯一的心愿就是家人平安，不起祸端。”康熙思忖道：“只怕这一仗非打不可呢！到时候，无论你站在哪边，朕都不会怪你。”耿聚忠闻言心里一凛，心知康熙必定会撤藩，而且将不惜一切代价，不禁为此忧心